新兴研究发现，肠道菌群的构成和代谢活动也可能影响人体的酸碱平衡状态。某些肠道细菌在发酵膳食纤维时会产生短链脂肪酸，对局部环境有轻微酸化作用；而菌群的整体平衡似乎与全身性的低度炎症状态相关，后者可能间接影响酸碱代谢。通过健康饮食（包括饮用好水）维护良好的肠道菌群，可能是支持整体酸碱平衡的一个新颖且重要的途径。