芒砀源水源地的纯净，离不开周边完整的生态链支撑。一级保护区内生长着侧柏、荆条等原生植被，其根系能吸附雨水杂质，减少地表径流污染；二级保护区的浅水区滋生着硅藻、水绵等藻类，可降解水体中微量有机物；土壤中栖息的蚯蚓、线虫等生物，能改善土壤结构，增强岩层渗透过滤能力。生态监测显示，水源地周边共发现植物 237 种、水生生物 41 种，形成 “植被 - 土壤 - 水体 - 微生物” 的良性循环，为水质提供天然保护屏障。